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阿尔茨海默病的单细胞分析

近年来,测序方法对阿尔茨海默氏症和其他年龄段的连锁疾病的基因组,表观基因和转录失调线索。全基因组关联研究已经确定了许多风险基因座(Kamboh等人2012; Jansen等2019)。RNA-seq的揭示转录普遍失调和改变剪接(Raj等,2018)。染色质的无障碍分析表明在老年人和阿尔茨海默氏症折磨的大脑表观变化(Gjoneska等人2015; Klein等人2019)。

然而,大脑组织是极其异质性的,这代表了一个巨大的研究挑战,因为阿尔茨海默病的细胞基础:小胶质细胞和星形胶质细胞促进炎症,少突胶质细胞收缩其保护性髓鞘,神经元死亡并切断突触连接,而每一种疾病都是单个细胞类型的独特破坏的结果。虽然大部分的测序工作是用大块组织而不是单细胞完成的,但单细胞测序技术的突破使研究人员能够开始检查单个细胞的基因组、表观基因组和转录情况。这使得识别与阿尔茨海默病相关的细胞类型成为可能,并揭示了与年龄和阿尔茨海默病相关的基因组嵌合体(Bushman et al. 2015;Keren-Shaul等人2017;López-Sánchez等,2017)。

通过了解阿尔茨海默病的细胞基础,研究人员将更能力监测和定制预防性和治疗干预措施。研究人员只开始划伤单细胞排序方法的表面可以告诉我们这些衰弱的疾病,但我们知道这些方法需要敏感,可重复和高吞吐量的方法。

幸运的是,我们能胜任这项任务。

突出产品

敏感的单细胞测序

我们的新SMART-Seq的单细胞试剂盒(SSSC)包含我们专有的智能(年代有魅力的米助力一个T 5' end ofRNA.TEMPLATE)技术从完整的单细胞或核中提供前所未有的敏感性。它提供比Smart-SEQ2更大的敏感性和再现性,丢失百分比减少(图1)。实际上,它的优化化学优于所有目前可用的全长测序方法用于单电池应用,包括我们的金标准智能Seq v4技术(图2),目前为艾伦小区类型数据库的转录组臂提供动力。这些功能使SSSC专门用于单电池应用的理想化学和表征CNS的转录多样性的最佳选择。额外的好处包括其与自动化平台和用户友好的板型工作流程的兼容性。最后,对于高吞吐量工作流程,我们提供了我们的自动化友好SMART-Seq HT工具包和我们的cx单细胞系统单细胞测序 - 一种先进的自动化平台工作流程(在多下一节,低于).

SMART-Seq Single Cell Kit性能优于Smart-seq2

图1.SMART-Seq单电池套件优于SMART-seq2协议。淋巴母细胞系GM12878的单个细胞与SSsc(18个细胞)或Smart-seq2(20个细胞)进行19个周期的PCR处理。如上述方法所述,生成RNA-seq库并分析序列(在将所有样本归一化到175万个配对端读取后)。小组A.读取分布在两种化学反应中有所不同,使用Smart-seq2增加线粒体读取,使用SSsc增加外显子读取。面板B.在SSsc处理的细胞中检测到更多的基因。小组C。相关箱线图显示了两种方法处理的所有细胞之间的组内Spearman相关性。SSsc处理的细胞之间较高的Spearman相关性表明,比Smart-seq2方法具有更大的重现性。D小组。用TPM >1检测到的基因丢失率较低,也表明SSsc具有较高的重现性。

我们优化的SMART-Seq单细胞化学性能优于之前的金标准SMART-Seq v4

图2。提高了低RNA含量的单细胞的性能。从淋巴母细胞系GM22601 12个单细胞用SMART-SEQ V4(SSv4)或使用PCR SSSC的19个周期进行处理。如在方法中描述的,产生RNA-SEQ库和序列分析(归一化所有的样品至125万配对末端读之后)。小组A.SSsc的cDNA产量明显高于SSv4。面板B.读分布是两种化学之间非常相似。小组C。与SSSC处理的细胞中检测到50%以上的多种基因。D小组。相关箱线图显示所有用两种方法处理的细胞之间的组内Spearman相关性。SSsc处理的细胞之间具有较高的Spearman相关性,表明其重现性高于SSv4。

除了单细胞转录组测序方法,我们还提供了在形式最好的一流的DNA-SEQ我们的解决方案PicoPLEX WGA和皮克克斯黄金单细胞DNA-seq板。这些试剂盒使用我们的高性能PicoPLEX技术进行单细胞全基因组扩增,采用准随机引物多次循环,然后使用高保真DNA聚合酶进行扩增,以获得比基于mda的方法更好的性能。这允许无偏见和准确的基因组扩增,使需要用于识别单核苷酸变异(个SNV)的灵敏,可重复和精确的基因组覆盖,拷贝数变异(CNV的),插入和缺失(图3)。事实上,研究人员引用了使用我们PicoPLEX技术来揭示人脑年龄联马赛克拷贝数变异(Chronister等2019),并与认知功能减退AD的动物模型相关的神经元四倍体(洛佩斯 - 桑切斯等人2017年).

使用SMARTer PicoPLEX Gold单细胞DNA seq试剂盒检测两个单个细胞中的CNV

图3。使用PicoPLEX金单细胞DNA-seq试剂盒在两个独立细胞中检测到cnv。日志2从单个NCI-H929单元读取的50 kb存储箱中的总读取数的比率,在中显示为一个单元板一个第二间牢房面板B。红色条表示拷贝数增加,而蓝色条表示丢失。每个面板中的图的顶行描绘了定序至9000万读取对深度的对照批量样品。PicoPLEX Gold kit的高度可重复性覆盖范围能够准确检测小至100 kb的结构变体,即使在浅序列中也是如此g深度(250-850万读取对)。

自动化,高吞吐量单细胞测序解决方案

我们的cx单细胞系统是一个开放的、高吞吐量的平台,提供了从单个单元分离、成像和生成库的端到端解决方案。细胞被染色,分配到一个5184纳米孔芯片中,平均每个孔一个细胞,然后成像。集成细胞选择软件对图像进行分析,该软件只自动识别和处理包含单个细胞的纳米井,以消除空纳米井和包含多个细胞的纳米井的噪声(图4)。然后,在芯片上处理目标纳米井,操作时间最小。根据您想要的工作流程生成cDNA或测序库。许多出版物引用了我们的ICELL8技术来支持他们的高通量scRNA-seq分析,包括它用于转录组分析人类皮层和视网膜组织的单个核(Hochgerner et al. 2017;Liang et al. 2018)。

ICELL8 cx单细胞系统的集成CellSelect软件自动选择单个活细胞进行处理。

图4. ICELL8 CX单电池系统的集成CellSelect软件自动处理只选择单一的活细胞。ICELL8芯片成像后,所有5184纳米孔都会自动筛选,以便进行下游处理。拒绝空井和包含多个单元格的井(面板B)而只有含有单个细胞的细胞(板一个选择和处理,最小化背景噪声并确保真正的单个小区库。

我们为几个公司提供预印芯片和试剂prevalidated总会在应用程序,包括3'-End Counting的差异表达;全长ScrNA-SEQ改善SNP,融合和替代剪接变体检测;和TCR分析/ 5'-末端差异表达。然而,我们的ICELL8系统的最大实力是其灵活性:研究人员利用了这种开放平台来开发了完整成人心肌细胞,单细胞ATAC-SEQ,CUT&TAG的SCRNA-SEQ的高吞吐量,单细胞工作流,和菲娜 - SEQ(Yekelchyk等,2019; Mezger等,2018; Tirier等,2018; Kaya-Okur等,2019)。

我们邀请您进一步了解我们为改进您的排序工作流程提供的解决方案。如有任何问题或请求,请联系我们,并通过左侧的“联系我们”表单安排此技术的试用。如果您使用的是移动设备,请单击汉堡包图标()在屏幕的左上方,然后向下滚动以访问注册表单。


AD遗传分析研究的参考

布须曼人,D. M.等等。在散发的阿尔茨海默病大脑中单个神经元中淀粉样前体蛋白(APP)基因拷贝数增加的基因组镶嵌现象el4,(2015).

Gjoneska,E。等等。小鼠和人类的保守表观基因信号揭示了阿尔茨海默病的免疫基础。自然518年,365–369 (2015).

詹森,即。等等。全基因组荟萃分析确定了影响阿尔茨海默病风险的新位点和功能途径。纳特。吉内特。51岁,404-413(2019)。

Kamboh, m . I。等等。基因组 - 阿尔茨海默病协会研究。翻译。精神病学2,e117(2012)。

Keren Shaul,H。等等。一种独特的小胶质细胞类型,与限制阿尔茨海默病的发展有关。细胞169年,1276-1290.e17(2017)。

克莱恩,H-U。等等。组蛋白乙酰化表观基因组范围内的研究揭示了大规模的变化由tau病理老化和老年痴呆症的人类大脑驱动。NAT。Neurosci。22,37-46(2019)。

洛佩斯-桑切斯,N。等等。大脑皮层的神经元四倍体化与小鼠的认知能力下降有关,它先于并重现了阿尔茨海默病相关的神经病理学。神经毒物。老化56,50–66 (2017).

Raj, T。等等。老龄化大脑的综合转录组分析表明剪接改变与阿尔茨海默病易感性有关。纳特。吉内特。50,1584至1592年(2018)。

引用CNS和Alzheimer疾病研究中的SCRNA-SEQ,Picoplex Kits的Picoplex套件使用我们的Smart-SEQ试剂盒的使用

克洛尼斯特,W.D。等等。摘要老年人脑新皮层罕有具有复杂核型的神经元。细胞的代表。26,825-835.e7(2019)。

Hochgerner, H。等等。STRT-SEQ-2I:双指数5'-单细胞和细胞核RNA-SEQ可寻址微孔阵列上。科学。代表。7.16327(2017)。

Kaya-Okur, h·S。等.小样本和单细胞的高效表观基因组分析的切割和标记。bioRxiv568915(2019)。doi: 10.1101/568915

梁,Q。等等。人类视网膜组织上的单核RNA序列提供了改进的转录组分析。bioRxiv468207(2018)。DOI:10.1101 / 468207

洛佩斯-桑切斯,N。等等。大脑皮层的神经元四倍体化与小鼠的认知能力下降有关,它先于并重现了阿尔茨海默病相关的神经病理学。神经毒物。老化56,50–66 (2017).

Mezger,。等等。高通量染色质可及性分析在单细胞分辨率。Commun Nat。9,3647(2018)。

Tirier, s M。等等。苯氧-SEQ联克隆肿瘤球状体的三维表型的基因表达。bioRxiv311472(2018)。doi: 10.1101/311472

Yekelchyk, M。等等。单核和多核心室肌细胞构成了转录同质的细胞群。心脏基础研究。114年,36 (2019)


绘制大脑图,一次一种细胞类型

单细胞转录组学为鉴定和表征组成复杂组织和器官的各种细胞类型提供了强有力的新方法。在这段视频中,Bosiljka Tasic博士(艾伦脑科学研究所)讨论了她和她的团队开发的一种方法,用于研究最复杂的器官:哺乳动物的大脑。

博客:艾伦研究所如何开发从单个脑细胞核生成转录数据的工作流程


特色产品

猫# 产品 大小 价钱 许可证 数量 细节
640188 ICELL8®cx单电池系统 每个 询问的报价

许可证声明

身份证号码
329. 本产品受一项或多项美国专利9132427、9909171、9447925、9951381和/或相应的外国专利保护。其他专利正在申请中。有关更多许可证信息,请通过电子邮件联系Takara Bio USA授权代表,地址为licensing@takarabio.com.bet188手机端
397 该产品受美国保护的保护。待保护专利和相应的外国专利等待。欲了解更多授权信息,请通过电子邮件联系Takara Bio USA授权代表licensing@takbet188手机端arabio.com。
*

ICELL8单电池系统是一个先进的集成自动化平台,将成像的功率与5,184-纳米芯片芯片中的单个电池隔离相结合。这款开放式平台,高吞吐量系统被挖掘用于多个NGS应用程序,并提供灵活性,使用户能够开发其选择的应用程序。

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我们的产品将用于仅限研究使用.它们不得用于任何其他目的,包括但不限于人类使用、治疗或诊断用途,或任何类型的商业用途。未经我们事先书面批准,不得将我们的产品转让给第三方、转售、修改用于转售,或用于制造商业产品或向第三方提供服务。

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640188: ICELL8 cx单细胞系统

640188: ICELL8 cx单细胞系统
R300669 PicoPLEX®金单细胞DNA-seq试剂盒 24 Rxns EUR€1234.00

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身份证号码
328. 本产品受美国专利8,206,913和相应的国外专利保护。其他专利正在申请中。欲了解更多授权信息,请通过电子邮件联系Takara Bio USA授权代表licensing@takbet188手机端arabio.com。
325. 正在申请专利。有关更多信息,请通过电子邮件联系Takara Bio USA授权代表licensing@takarabbet188手机端io.com.
M54 本产品受美国专利7,704,713号及其国外同类产品的权利要求。 

PicoPLEX金单细胞DNA- seq试剂盒旨在从单细胞生成高质量的DNA库,用于Illumina平台上的测序。该试剂盒基于创新的PicoPLEX技术,从1-5个哺乳动物细胞或基因组等量的gDNA作为输入,获得了具有较高重现性的文库,可从富尔马林固定的单细胞等具有挑战性的样品中提供可靠的结果。单指标,双指标,和独特的双指标试剂盒是可用的,必须单独购买。该产品含有可用于24种反应的试剂。

该套件具有由四个步骤组成的简化工作流 - 从输入到放大的NGS库 - 可以在不到四个小时内完成。该试剂盒使用高保真酶和优化的引物,适用于拷贝数变体(CNV),单核苷酸变体(SNV),吲哚和其他小型结构变体的准确和可重复的分析。该试剂盒与单细胞和来自人,动物和细菌的单细胞和纯化的DNA相容,以及单个流量分选染色体。

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更智能的PicoPLEX金单细胞DNA-Seq技术:从单个细胞开始的四步反应

更智能的PicoPLEX金单细胞DNA-Seq技术:从单个细胞开始的四步反应

更智能的PicoPLEX金单细胞DNA-Seq技术:从单个细胞开始的四步反应。在步骤1中提取的细胞gDNA用作准随机启动和线性放大的多个周期的模板,然后是指数库放大。

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SMARTer PicoPLEX金单细胞DNA-Seq试剂盒工作流程

SMARTer PicoPLEX金单细胞DNA-Seq试剂盒工作流程

SMARTer PicoPLEX金单细胞DNA-Seq试剂盒工作流程。四步SMARTer PicoPLEX Gold单细胞DNA Seq工作流在两个试管或平板中进行,只需30分钟的实际操作时间,即可在不到3小时内完成。

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R300669:Picoplex金单细胞DNA-SEQ套件

R300669:Picoplex金单细胞DNA-SEQ套件
R300718 PicoPLEX®单细胞WGA试剂盒v3 24 Rxns 744.00欧元

许可证声明

身份证号码
M54 本产品受美国专利7,704,713号及其国外同类产品的权利要求。 

PicoPLEX单细胞WGA试剂盒v3采用单管协议,专为从1-10个细胞或等量分离的gDNA (gDNA)的可重复扩增而开发。细胞裂解和全基因组预扩增后,在非常低的背景下进行高保真扩增,在3小时内得到超过2µg的产物。该试剂盒适用于需要基本水平分辨率的应用,如检测突变。该产品含有可用于24种反应的试剂。

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R300718:Picoplex单细胞WGA套件V3

R300718:Picoplex单细胞WGA套件V3
634437 SMART Seq®HT套件 96年Rxns €4608.00欧元

许可证声明

身份证号码
275 SMART-Seq2技术。本产品由Ludwig Institute of Cancer Research, ltd独家授权销售,并受美国专利号10266894、日本专利号6336080和欧洲专利号3036336以及正在申请的美国专利和/或正在申请的外国专利。有关许可信息,请致电650.919.7320或电子邮件licensing@takarbet188手机端188足彩网站abio.com与Takara Bio USA, Inc.授权代表联系。
388 本产品受加拿大专利2921603号、日本专利6336080号、6603699号及相应的美国和国外正在申请专利保护。欲了解更多授权信息,请通过电子邮件联系Takara Bio USA授权代表licensing@takbet188手机端arabio.com。

SMART-SEQ HT套件是一种自动友好型套件,专为合成高质量cDNA,直接从1-100个完整细胞或超低量的总RNA(10-1,000页)。用该试剂盒产生的cDNA文库已经测试了与Illumina测序平台的兼容性。此套件支持高达96个反应。

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从facs分类的293T细胞中获得基因表达数据

从facs分类的293T细胞中获得基因表达数据

使用SMART-seq v4和SMART-seq HT试剂盒从FACS分拣的293T细胞获得的基因表达数据的高重复性。进一步分析21个单个293T细胞产生的文库(表,上面板),以评估使用SMART Seq v4试剂盒(SSv4_1至SSv4_12)和SMART Seq HT试剂盒(HT_1至HT_9)(下面板)为每个细胞获得的基因表达测量的再现性。分层聚类热图显示了所有细胞之间的欧氏距离,并报告了0.74到0.97之间的Pearson相关性。虽然使用一种或另一种试剂盒制备的细胞之间观察到最佳相关性,但两种试剂盒之间的相关性仍然很高,并且细胞不是基于文库进行聚类的制备方法。这些数据表明,SMART-Seq HT试剂盒中的改进工作流程不会在基因表达水平的测量中引入重大偏差。

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SMART-Seq v4与SMART-Seq HT试剂盒基因GC含量表达水平比较

SMART-Seq v4与SMART-Seq HT试剂盒基因GC含量表达水平比较

SMART Seq v4和SMART Seq HT试剂盒之间基因GC含量表达水平的比较。我们进一步分析了由10 pg的鼠脑总RNA组成的库(如图2所示)的GC含量表示(见上表)。通过GC含量对基因进行分类,并用相关图显示基因在每个分类库中的表达水平(FPKM)的重现性。复制样本的平均基因数量非常重现分析使用SMART-Seq v4(面板)或SMART-Seq HT工具包(面板B)。基因GC含量高或低(分别为红色和蓝色所示)显示类似的表达水平SMART-Seq v4和SMART-Seq HT工具包(面板C)。因此,在新的SMART-seq HT试剂盒中引入的一步RT PCR反应保持了低gc含量和高gc含量基因的代表性。

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与SMART-SEQ V4和鉴定成绩单高度重叠SMART-Seq的HT套件

与SMART-SEQ V4和鉴定成绩单高度重叠SMART-Seq的HT套件

SMART-Seq v4和SMART-Seq HT试剂盒鉴定的转录本高度重叠。进一步评估从表1所示的10 pg小鼠脑总RNA制备的文库在每个试剂盒内的技术复制之间鉴定的转录物数量重叠(FPKM>0.1),发现非常相似(61–63%重叠)(面板A)。然后对每个试剂盒的所有三个复制品鉴定的转录本进行相互比较,表明重叠率为71%。重叠转录本的平均表达水平为37 FPKM,而用单个试剂盒唯一鉴定的转录本含量较少,平均为6–7 FPKM,这表明更可能无法鉴定的转录本是低水平表达的转录本。

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SMART-Seq HT试剂盒的技术原理图

SMART-Seq HT试剂盒的技术原理图

SMART-Seq HT试剂盒的技术原理图。SMART技术用于无连接的工作流程,以生成全长cDNA。逆转录酶(RT)添加非模板核苷酸(用Xs表示)与SMART Seq HT寡核苷酸杂交,为RT提供新的模板。在测序文库制备过程中,一些引物(用黑星表示)上存在阻断连接的化学修饰。通过寡核苷酸(dT)引物(SMART Seq CDS引物IIA)添加的SMART AdapterPCR过程中用于扩增的SMART Seq HT寡核苷酸以绿色表示。一步RT-PCR设置为单一反应,以便将所有试剂混合在一起,然后依次使用。SeqAmp聚合酶是一种热启动DNA聚合酶,只有在完成反转录/模板切换步骤后才被激活完成

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Smart-SEQ V4和SMART-SEQ HT套件工作流的比较

Smart-SEQ V4和SMART-SEQ HT套件工作流的比较

该SMART-SEQ V4的比较和SMART-SEQ HT盒的工作流程。修改了SMART-Seq v4方法(左),以生成一个简化的、高吞吐量的工作流(SMART-Seq HT,右),只需要很少的实际操作时间。一旦使用FACS获得单细胞,SMART-Seq HT Kit只涉及三个动手步骤,而原始的SMART-Seq v4试剂盒涉及六个动手步骤。SMART-Seq HT工作流程中的一个关键步骤是一步逆转录-PCR,使用一步逆转录-PCR缓冲液进行,该缓冲液专为最优反转录和高效PCR cDNA扩增而设计。一步RT-PCR缓冲液与AMPure珠纯化直接兼容,不需要添加裂解缓冲液。与原始的SMART-Seq v4试剂盒一样,SMART-Seq HT试剂盒在cDNA用于测序库制备(Nextera XT)之前需要验证(高分子量、全长cDNA的量化和评估)。

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634437:智能序列HT套件

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634472 SMART Seq®单电池套件 96年Rxns EUR€6360.00

许可证声明

身份证号码
275 SMART-Seq2技术。本产品由Ludwig Institute of Cancer Research, ltd独家授权销售,并受美国专利号10266894、日本专利号6336080和欧洲专利号3036336以及正在申请的美国专利和/或正在申请的外国专利。有关许可信息,请致电650.919.7320或电子邮件licensing@takarbet188手机端188足彩网站abio.com与Takara Bio USA, Inc.授权代表联系。

SMART-SEQ单细胞套件旨在直接从单个电池产生高质量的全长cDNA。已经用2 pg总RNA输入验证,并且已知具有低RNA含量的单细胞(例如,外周血单核细胞)。此套件支持高达96个反应。

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634472:SMART-SEQ单细胞套件

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单细胞转录组学为鉴定和表征组成复杂组织和器官的各种细胞类型提供了强有力的新方法。在这段视频中,Bosiljka Tasic博士(艾伦脑科学研究所)讨论了她和她的团队开发的一种方法,用于研究最复杂的器官:哺乳动物的大脑。

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