癌症研究样本准备：FFPE组织

几十年来，病理学家的标准做法是从癌症患者的肿瘤中获取组织活检，将其固定在甲醛（也称为福尔马林）中，然后脱水并将固定的组织嵌入石蜡块中。该制剂可将福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样品切成薄片，将其安装在显微镜载玻片上，并进行免疫组织化学等技术，以进一步分析细胞形态、蛋白质表达、，这种方法还使样品适合在环境条件下长期储存。因此，世界各地的诊所和研究机构积累了大量FFPE样本，并与相关患者数据配对。事实证明，这些存储库对于寻求进行大规模分析以阐明癌症分子机制的研究人员来说是非常宝贵的（Fairley et al.2012）。

虽然FFPE组织的生物银行为癌症研究人员提供了重要的资源，但从这些样本中获得足够产量的DNA和RNA，以进行下游分析并非易事。固定导致核酸断裂，核酸和蛋白质之间形成交联，并引入核苷酸变化，这些共同阻碍下游分析的执行。为克服这些障碍，专门针对FFPE样品开发了多种核酸纯化方法，其产生的产物适合于PCR和NGS等应用。

请注意，machery - nagel核酸纯化产品仅在北美、印度和日本的Takara Bio提供。bet188手机端

重点产品

DNA纯化

bet188手机端Takara Bio提供了基于硅胶膜和磁珠的技术，用于从大量FFPE样品中纯化DNA核自旋DNA-FFPE-XS和NucleoMag DNA FFPE工具包。这两种技术都采用了无味、无毒、无二甲苯的石蜡去除试剂。然后用蛋白酶处理样品，使固定的组织溶解并将DNA释放到溶液中，然后在特殊配方的缓冲液中热培养以消除交联。然后将裂解物DNA结合到二氧化硅膜或顺磁珠上，经过连续的洗涤步骤，并洗脱。鉴于NucleoSpin FFPE DNA试剂盒以单制备和多制备形式提供，以满足不同的吞吐量需求，NucleoMag FFPE DNA试剂盒主要用于自动化、高通量处理。

图1所示。由于使用NucleoSpin DNA FFPE XS能有效地回收解交联DNA，所以具有出色的PCR性能。用核自旋DNA FFPE XS（2x蓝色图）和竞争对手Q（2x橙色图）的FFPE微型洗脱试剂盒从FFPE大鼠肝组织中分离DNA，并使用罗氏LightCycle系统通过PCR扩增100 bp的靶点。与竞争对手Q的试剂盒相比，核自旋DNA FFPE XS的产量始终较高，并且DNA提供了更好的PCR性能。对于该比较，起始样品为一段经过过夜裂解并以30µl体积洗脱的FFPE组织。

RNA净化

为了从FFPE样品中纯化总RNA, Takara Bio提供了基于二氧化硅膜的技术，其设计为不同输bet188手机端入量的单准备格式:NucleoSpin totalRNA FFPE和NucleoSpin totalRNA FFPE XS. 在脱蜡、蛋白酶处理和加热之后，将裂解物在能够结合多种RNA物种（包括小RNA）的条件下应用于膜。剩余的DNA然后通过柱上DNA酶处理进行消化，在连续的洗涤步骤后，RNA在小体积的无RNA酶水中洗脱，产生高浓度的RNA。

图2。与竞争试剂盒相比，核自旋totalRNA FFPE提供了更高的RNA产量，这由qPCR确定。使用核仁自旋totalRNA FFPE和三种竞争试剂盒（Q、A和P），从小鼠脑组织的4 x 10µm厚FFPE切片中分离总RNA。通过qPCR扩增mRNA和miRNA靶点（mRNA靶点由β2-微球蛋白基因的230 nt部分组成，而miRNA靶点通过miR-16 TaqMan MicroRNA分析进行分析）(注:miRNA样本分别用Thermo Fisher Scientific的TaqMan MicroRNA逆转录试剂盒进行逆转录。)使用MN试剂盒处理的样品的CT值较低，表明MN试剂盒相对于竞争对手的试剂盒提供更高的RNA产量。

参考

费尔利，J.A。等病理标本的制作：福尔马林固定石蜡包埋组织的分子诊断。咖喱。药物靶点13，1475–1487 (2012).