癌症研究样本准备:FFPE组织

几十年来，病理学家的标准做法是，从癌症患者的肿瘤中获取组织活检，将其固定在甲醛(也称为福尔马林)中，然后脱水，将固定的组织嵌入石蜡块中。将福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)样品切成薄片，可以安装在显微镜载玻片上，并通过免疫组化等技术进一步分析细胞形态、蛋白表达等。这种方法也使样品适合在环境条件下长期储存。因此，世界各地的诊所和研究机构积累了大量与相关患者数据配对的FFPE样本。这些资料库已被证明对寻求进行大规模分析以阐明癌症分子机制的研究人员是无价的(Fairley et al. 2012)。

虽然FFPE组织的生物库为癌症研究人员提供了重要的资源，但从这些样本中获得足够的DNA和RNA的产量，用于下游分析的质量也不是微不足道的。固定导致核酸碎裂，形成核酸和蛋白质之间的交联，并引入核苷酸变化，这些共同阻碍了下游检测的性能。为了克服这些障碍，针对FFPE样品开发了多种核酸纯化方法，这些方法的输出结果适用于PCR和NGS等应用。

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突出产品

DNA纯化

bet188手机端Takara Bio提供基于二氧化硅膜和磁珠的技术，用于从广泛的FFPE样品中纯化DNA核旋蛋白DNA FFPE XS和NucleoMag DNA FFPE板。这两种技术都使用了无味、无毒、无二甲苯的试剂来去除石蜡。然后用蛋白酶处理样品，使固定的组织溶解，并将DNA释放到溶液中，然后在特制的缓冲液中热培养以消除交联。裂解DNA然后结合到二氧化硅膜或顺磁珠上，经过顺序洗涤步骤，然后洗脱。虽然NucleoSpin FFPE DNA试剂盒以单一和多准备格式提供，以满足不同的吞吐量需求，但NucleoMag FFPE DNA试剂盒主要用于自动化、高通量处理。

图1所示。由于使用NucleoSpin DNA FFPE XS能有效地回收解交联DNA，所以具有出色的PCR性能。用NucleoSpin DNA FFPE XS (2x蓝色图)和竞争对手Q的FFPE迷你洗脱试剂盒(2x橙色图)从FFPE大鼠肝组织中分离DNA，使用Roche LightCycler系统PCR扩增100 bp的靶标。与竞争对手Q的试剂盒相比，NucleoSpin DNA FFPE XS的产量始终较高，且DNA具有更好的PCR性能。为了进行比较，起始样品是经过过夜裂解并以30µl洗脱的FFPE组织的一个切片。

RNA净化

为了从FFPE样品中纯化总RNA, Takara Bio提供了基于二氧化硅膜的技术，其设计为不同输bet188手机端入量的单准备格式:NucleoSpin totalRNA FFPE和NucleoSpin totalRNA FFPE XS．在脱亲和、蛋白酶处理和加热之后，裂解液被应用到膜上，使各种RNA物种(包括小RNA)能够结合。然后，通过柱上DNase处理将残留的DNA消化，在连续的洗涤步骤之后，用少量不含rnase的水洗脱RNA，生成高度浓缩的RNA。

图2。根据qPCR测定，与竞争对手试剂盒相比，核ospin totalRNA FFPE提供更高的RNA产量。总RNA分离出4 x 10µm厚FFPE部分小鼠脑组织的NucleoSpin totalRNA FFPE和三个竞争对手包(Q, A, P)。mRNA和MicroRNA的目标被qPCR放大(mRNA的目标由230元部分的β2-microglobulin基因,而MicroRNA的目标进行了分析使用miR-16 TaqMan MicroRNA化验。（注意:miRNA样本分别用Thermo Fisher Scientific的TaqMan MicroRNA逆转录试剂盒进行逆转录。)使用MN试剂盒处理的样品的CT值较低，表明MN试剂盒相对于竞争对手的试剂盒提供更高的RNA产量。

参考

Fairley, j . A。et al。充分利用病理标本:福尔马林固定石蜡包埋组织的分子诊断。咕咕叫。药物靶点13，1475 - 1487(2012)。