描述病毒基因组和宿主反应
呼吸道感染在世界各地流行,会给企业带来巨大的健康和经济负担。了解病原体的性质和尽快相应诊断,以防止其迅速蔓延,并尽量减少死亡率是至关重要的。随着分子生物学技术,如基因组学的出现,可以在规模通过全基因组测序来获得对这些病原体的身份信息。这种方法包括净化从受感染的患者样本的病原体,如支气管肺泡液,鼻腔或咽拭子或唾液和测序病原体基因组。但是,这种方法带来的技术挑战,如病原体基因组的内容可以是稀缺的和/或降解。在RNA病毒的情况下,研究人员需要RNA-seq的方法,这些方法灵敏度高,可应对潜在降级病毒基因组材料。
由于COVID-19的爆发,全世界的研究人员都产生基因组数据来定义的病毒基因组,并跟踪突变精确。SARS冠状病毒,基因组2的广泛分析,疫情的发生是扩大到大流行,使研究人员能够表征病毒的演变。这些信息被用来深化我们的感染途径和病毒序列变异可能是导致疾病的临床过程的理解。SARS-COV-2的全基因组测序是用于疫苗设计的关键,因为它提供了潜在的抗原表位或可能引发或削弱免疫应答的新病毒变异株的有价值的信息。这种方法是在反向疫苗学,其目的是通过病毒基因组的生物信息学分析,以确定有希望的疫苗候选物(Bidmos等人2018)中。我们的RNA-seq的套件更智能链总RNA-SEQ试剂盒V2(Pico v2;图1)用于暴发早期SARS-CoV-2的测序,以提供病毒的全长序列(Wu et al. 2019)。表中总结了已发表的在工作流程中利用SMARTer strand RNA-seq技术研究和开发针对各种病原体(包括冠状病毒)的疫苗的工作实例在这一页的末尾。我们最近推出了Pico v3,一种改进版本的Pico V2套件。
对于10毫微克量输入图1转录物表达水平示出了用于微微v2的试剂盒。小组A.1-Ng和10纳克用于与Pico试剂盒V2产生的数据输入之间的观察到的高再现性。FPKM值示对数10.规模。在只有一个库表示转录物可沿着散点图的X轴和Y轴中看到。面板B。的特点和微微V2套件的好处总结。
除了专注于病毒基因组本身之外,研究人员还研究了感染患者的T细胞和B细胞受体曲目的可变区,提供了用于鉴定新型保护性抗原并评估疫苗候选疗效的有用信息。研究感染患者的免疫系统造成类似于病毒基因组分析的挑战,因为感染性疾病往往导致患有病毒感染的患者淋巴衰减。
许多研究小组使用我们的SMARTer免疫谱试剂盒来评估各种疾病条件下的TCR和BCR库多样性(见下文引用)。smart TCR和BCR免疫分析试剂盒的特点和优点总结如下。
图2.使用更智能人的BCR套件的UMI的误差校正确定测序饱和点为您提供了对ClOnotype调用的更大置信度并降低了测序成本。小组A.本实验使用SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L试剂盒从10 ng单供PBMC RNA中制备BCR谱库。在不同的测序深度(蓝线)和(紫线)基于umi的错误校正显示了SMARTer human BCR文库和IgG克隆型计数的测序饱和度。使用ui,您可以确定测序饱和点,所以您不必测序超过需要。所有不同测序深度的分析均由我们的Takara Bio Immune Profiler软件生成。bet188手机端面板B。我们免疫分析套件的特征和益处概述。
用于病毒和宿主基因组测序和免疫分析的产品引用
标题 | 链接 | 产品 |
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更胜一筹的绞线的总RNA-SEQ试剂盒(微微v2)的 |
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SARS-CoV-2 | ||
SARS-COV-2人IPSC衍生的心脏细胞感染预测Covid-19患者心中的新型细胞病特征 | ![]() |
更智能链总RNA-SEQ试剂盒V2 |
广东省SARS-CoV-2基因组流行病学研究 | ![]() |
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中国武汉一种与严重呼吸道疾病相关的新型冠状病毒的全基因组特征 | ![]() |
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德国北部一株SARS-CoV-2株全基因组序列分析 | ![]() |
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SARS-CoV-2基因组学、功能分析及药物筛选 | ![]() |
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来自以色列COVID-19早期表现的两种SARS-CoV-2分离物的全基因组序列编码 | ![]() |
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共享SARS-COV-2多样性表明少数民族变体的本地化传输 | ![]() |
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其他病毒 | ||
在Pteropus lylei粪便中发现一种新的多cipiviridae病毒 | ![]() |
更智能链总RNA-SEQ试剂盒V2 |
儿科急性呼吸道感染复杂感染的高分辨率聚焦表征 | ![]() |
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新型儿童呼肠孤病毒分离及其长期循环重组 | ![]() |
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呼吸道合胞病毒的同时病毒全基因组测序和差异表达谱分析 | ![]() |
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更智能的人类TCR/BCR分析试剂盒 | ||
巨噬细胞和T细胞的共激活有助于IL-6转基因人源化小鼠模型的慢性移植物抗宿主病 | ![]() |
聪明的人类细胞a / b分析工具 |
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免疫无知是黑色素瘤新抗原寡克隆T细胞应答的一个有利特征 | ![]() |
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