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描述病毒基因组和宿主反应

呼吸道感染在世界各地流行,会给企业带来巨大的健康和经济负担。了解病原体的性质和尽快相应诊断,以防止其迅速蔓延,并尽量减少死亡率是至关重要的。随着分子生物学技术,如基因组学的出现,可以在规模通过全基因组测序来获得对这些病原体的身份信息。这种方法包括净化从受感染的患者样本的病原体,如支气管肺泡液,鼻腔或咽拭子或唾液和测序病原体基因组。但是,这种方法带来的技术挑战,如病原体基因组的内容可以是稀缺的和/或降解。在RNA病毒的情况下,研究人员需要RNA-seq的方法,这些方法灵敏度高,可应对潜在降级病毒基因组材料。

由于COVID-19的爆发,全世界的研究人员都产生基因组数据来定义的病毒基因组,并跟踪突变精确。SARS冠状病毒,基因组2的广泛分析,疫情的发生是扩大到大流行,使研究人员能够表征病毒的演变。这些信息被用来深化我们的感染途径和病毒序列变异可能是导致疾病的临床过程的理解。SARS-COV-2的全基因组测序是用于疫苗设计的关键,因为它提供了潜在的抗原表位或可能引发或削弱免疫应答的新病毒变异株的有价值的信息。这种方法是在反向疫苗学,其目的是通过病毒基因组的生物信息学分析,以确定有希望的疫苗候选物(Bidmos等人2018)中。我们的RNA-seq的套件更智能链总RNA-SEQ试剂盒V2(Pico v2;图1)用于暴发早期SARS-CoV-2的测序,以提供病毒的全长序列(Wu et al. 2019)。表中总结了已发表的在工作流程中利用SMARTer strand RNA-seq技术研究和开发针对各种病原体(包括冠状病毒)的疫苗的工作实例在这一页的末尾。我们最近推出了Pico v3,一种改进版本的Pico V2套件。

搁浅套件功能

对于10毫微克量输入图1转录物表达水平示出了用于微微v2的试剂盒。小组A.1-Ng和10纳克用于与Pico试剂盒V2产生的数据输入之间的观察到的高再现性。FPKM值示对数10.规模。在只有一个库表示转录物可沿着散点图的X轴和Y轴中看到。面板B。的特点和微微V2套件的好处总结。

除了专注于病毒基因组本身之外,研究人员还研究了感染患者的T细胞和B细胞受体曲目的可变区,提供了用于鉴定新型保护性抗原并评估疫苗候选疗效的有用信息。研究感染患者的免疫系统造成类似于病毒基因组分析的挑战,因为感染性疾病往往导致患有病毒感染的患者淋巴衰减。

许多研究小组使用我们的SMARTer免疫谱试剂盒来评估各种疾病条件下的TCR和BCR库多样性(见下文引用)。smart TCR和BCR免疫分析试剂盒的特点和优点总结如下。

人类TCR套件功能

图2.使用更智能人的BCR套件的UMI的误差校正确定测序饱和点为您提供了对ClOnotype调用的更大置信度并降低了测序成本。小组A.本实验使用SMARTer Human BCR IgG IgM H/K/L试剂盒从10 ng单供PBMC RNA中制备BCR谱库。在不同的测序深度(蓝线)和(紫线)基于umi的错误校正显示了SMARTer human BCR文库和IgG克隆型计数的测序饱和度。使用ui,您可以确定测序饱和点,所以您不必测序超过需要。所有不同测序深度的分析均由我们的Takara Bio Immune Profiler软件生成。bet188手机端面板B。我们免疫分析套件的特征和益处概述。


用于病毒和宿主基因组测序和免疫分析的产品引用

标题 链接 产品
更胜一筹的绞线的总RNA-SEQ试剂盒(微微v2)的
SARS-CoV-2
SARS-COV-2人IPSC衍生的心脏细胞感染预测Covid-19患者心中的新型细胞病特征 更智能链总RNA-SEQ试剂盒V2
广东省SARS-CoV-2基因组流行病学研究
中国武汉一种与严重呼吸道疾病相关的新型冠状病毒的全基因组特征
德国北部一株SARS-CoV-2株全基因组序列分析
SARS-CoV-2基因组学、功能分析及药物筛选
来自以色列COVID-19早期表现的两种SARS-CoV-2分离物的全基因组序列编码
共享SARS-COV-2多样性表明少数民族变体的本地化传输
其他病毒
在Pteropus lylei粪便中发现一种新的多cipiviridae病毒 更智能链总RNA-SEQ试剂盒V2
儿科急性呼吸道感染复杂感染的高分辨率聚焦表征
新型儿童呼肠孤病毒分离及其长期循环重组
呼吸道合胞病毒的同时病毒全基因组测序和差异表达谱分析
更智能的人类TCR/BCR分析试剂盒
巨噬细胞和T细胞的共激活有助于IL-6转基因人源化小鼠模型的慢性移植物抗宿主病 聪明的人类细胞a / b分析工具
在抗pd -1抗体治疗反应良好的黑色素瘤患者中鉴定一个新抗原表位
临床相关的细胞毒性免疫细胞标记和高危t细胞受体的克隆扩增Mycn.-not-amplified人类神经母细胞瘤
培养基于种族的RNA-SEQ方法,以表征猪γδT细胞的T细胞受体曲目
来自LR Express过滤器的白细胞恢复和评估
免疫无知是黑色素瘤新抗原寡克隆T细胞应答的一个有利特征
炎症性肠病肠道t细胞受体库的基因组分析

主打产品

猫。# 产品 大小 许可证 数量 细节
634467 Smarter®人类BCR IgG IgM H / K / L剖面套件 48个Rxns

许可声明

身份证号码
325. 专利申请中。欲了解更多信息,请licensing@takarabio.com通过电子邮件联系一宝bet188手机端生物USA授权代表。
*

聪明人BCR的IgG IgM的H / K / L仿形工具包使用户能够分析来自总RNA样品B细胞受体(BCR)全集。该试剂盒可以从10产生文库纳克至1μg从外周血单核细胞(PBMC)的总RNA和从B细胞1至100ng的总RNA。该试剂盒可以被用于其它类型的样品,但是协议可能需要被修改。该试剂盒可用于产生重链和人免疫球蛋白IgG和IgM的轻链(κ和λ)的数据。

更智能人类BCR IgG IGM H / K / L分析套件利用智能技术,采用5英尺类似的方法来捕获BCR转录物的完整V(D)J可变区。它还包含独特的分子标识符(UMI),以便于数据分析期间促进PCR误差校正和Clonotype定量。

试剂盒中包括引物,其在cDNA扩增期间包含illumina的适配器序列。该协议生成索引库,该库准备在Illumina平台上进行排序。此套件最多支持48 rxns。

买方通知

我们的产品将用于仅限研究使用.它们不得用于任何其他目的,包括但不限于用于人类,治疗或诊断使用,或任何类型的商业用途。我们的产品可能不会转移到第三方,转售,修改转售,或用于制造商业产品,或者在未经证实的书面批准的情况下为第三方提供服务。

文件 成分 图像数据

回来

634467: smart Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit

634467: smart Human BCR IgG IgM H/K/L Profiling Kit
634478 SMARTer®Human TCR a/b Profiling Kit v2 12 rxns. *

smart Human TCR a/b Profiling Kit v2使用户能够从大量RNA样本中分析t细胞受体(TCR)库。这个工具可以生成库总RNA (10 ng从外周血白细胞1µg, 20 ng 200 ng的总RNA从全血中获得,或1 ng 100 ng T细胞)或纯化T细胞(1000到10000个细胞),可以用来TCR-alpha或者TCR-beta个子单元生成数据。独特的分子标识符(UMIs)用于在数据分析期间进行PCR错误校正和克隆型量化,独特的双指数(UDIs)允许用户对更多的样本进行多重检测,并在对模式流细胞进行测序时提供信心。最后,生成的索引库可以在Illumina平台上进行排序。

这个套件支持多达12 rxns。

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文件 成分
634485 SMARTer®绞线总RNA-Seq的工具V3 - 皮科输入哺乳动物 24 Rxns

许可声明

身份证号码
391 有限用途标签许可:仅用于研究该产品的许可证授予美国豆类生物从驯鹿生物科学公司及其子公司,Inc .)和本产品转移到终端用户购bet188手机端188足彩网站买者(“买方”)受到“有限使用标签许可证”输送买方有限,使用产品不可转让的权利,仅仅提供给买家,与(i)买方产生的产品的子代或衍生物(包括但不限于细胞),以及(ii)从产品或其相应子代或衍生物(包括但不限于细胞)中提取或衍生的生物材料(统称为产品,以及(i)和(ii)被称为“材料”)仅用于为买方的唯一利益进行内部研究。买方不得出售或以其他方式转让材料给第三方,或以其他方式将材料用于任何除外用途。“除外用途”指任何及所有:(a)商业活动,包括但不限于生产(包括但不限于用于生物生产的细胞系开发)、产品检测或质量控制的任何用途;(b)临床前或临床试验或其他旨在向美国食品和药物管理局或任何其他国家或司法管辖区的监管机构提交数据的活动,该等研究中的活性制剂包含该材料;(c)用于向第三方提供服务、信息或数据;(d)用于人类或动物治疗、诊断或预防的用途,或作为治疗、诊断或预防的产品;(e)农业田间试验活动或向美国农业部或任何其他农业监管机构提交数据的任何活动; (f) high throughput screening drug discovery purposes (i.e., the screening of more than 10,000 experiments per day) as well as scale-up production activities for commercialization; (g) modification of human germline, including editing of human embryo genomes (with the sole exception of editing human embryonic stem (ES) cell lines for research purposes) or reproductive cells; (h) self-editing; and/or (i) stimulation of biased inheritance of a particular gene or trait or set of genes or traits (“gene drive”). It is the Purchaser’s responsibility to use the Material in accordance with all applicable laws and regulations. For information on obtaining additional rights, including commercial rights, please contact licensing@cariboubio.com or Caribou Biosciences, Inc., 2929 7th Street, Suite 105, Berkeley, CA 94710 USA, Attn: Licensing.
395 本产品受美国专利号10150985及相应的国外专利保护。其他专利正在申请中。欲了解更多授权信息,请通过电子邮件联系Takara Bio USA授权代表licensing@takbet188手机端arabio.com。
392 该产品受美国专利号10,941,397和10,954,510和欧洲专利No.1485394804和日本专利No.2016-524004和相应的美国专利权和其他外国专利等。欲了解更多授权信息,请通过电子邮件联系Takara Bio USA授权代表licensing@takbet188手机端arabio.com。
*

Smarter Slanded总RNA-SEQ试剂盒V3 - PICO输入哺乳动物用于从250pg-10NG输入的纯化的总RNA输入或10-1,000个完整细胞产生illumina测序的链状特异性RNA-SEQ文库。该套件包括Takara Bio的专有智能(在bet188手机端RNA模板的5'末端的开关机制)技术,包括细化方法,用于滞留RNA-SEQ,简化了图书馆制备工作流程并提高测序性能。该方法开发为使用高或低质量的总RNA工作,不需要额外的RRNA去除方法或试剂盒,并产生保留原始股线信息的测序文库。通过总RNA输入的cDNA合成的cDNA合成后,衍生自RRNA的CDNA的综合去除 - 使工作流程非常敏感,产生高度可再现的数据,其与RRNA的低映射高度可再现。该更新套件中的新图书馆设计通过反转转录步骤添加了8个核苷酸(NT)独特的分子标识符(UMI),以减轻潜在的PCR偏置,以及为客户提供用于成绩量化的附加信息,专门为真正的变体提供额外的信息和罕见的突变。该套件包括更智能的RNA独特的双指标套件 - 24U(Takara Bio,Cat。美国专利号634451)。bet188手机端可以购买更智能的RNA独特双指数套件 - 96U设置A和B(Cat。#s 634452和634457)。它们一起提供高达192个独特的双索引来复用。

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bet188手机端Takara Bio公司提供帮助研究人员探讨基因发现,监管和功能问题的套件,试剂,仪器和服务。作为Takara Bio集团的成员,Tbet188手机端188bet体育akara生物医学技术(北京)有限公司是一家拥有全球市场领导地位的公司的一部分,致力于通过生物技术改善人类状况。我们的使命是开发高质量的创新工具和服务,以加速发现。

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