确定和克隆疫苗靶点

基于TCR和BCR序列的下一代测序分析，可以在全系统范围内破译特异性受体配置及其对感染中的适应性免疫的贡献。一旦获得了病毒基因组序列和宿主BCR、TCR免疫谱数据，就可以利用生物信息学进行进一步分析，揭示病毒抗原和疫苗靶点(病毒表面受体)，从而有效地选择候选疫苗。复杂的生物信息学管线降低了从此类试验中发现TCR反应簇和靶特异性bcr抗体序列的大型数据集的复杂性。病毒特异性TCR和BCR(或中和抗体序列)可以通过比较患病患者和相应对照组(健康供体)的免疫库来推断(Schultheiß et al. 2020)。

bet188手机端Takara生物公司Cogent免疫分析器软件可与更智能的人类BCR IgG IgM H/K/L分析试剂盒一起使用，解析出克隆型编号和V（D）J序列信息。该软件旨在分析由Illumina sequencers从使用更智能的人类BCR IgG IgM H/K/L分析工具包或更智能的人类TCR a/b分析工具包v2准备的库中生成的FASTQ文件中存储的序列数据。

图1。克隆型数量的生物学变异提供了信心，可以检测到健康或疾病样本之间的细微差异。从不同供体获得的PBMC RNA克隆型计数。使用更智能的人BCR-IgG-IgM H/K/L分析试剂盒测定来自8个供体的PBMC RNA各10 ng的IgG、IgM、IgK和IgL克隆型（以不同颜色表示）。库被标准化为100000次读取以进行分析。使用Cogent NGS免疫轮廓仪对数据进行分析，然后使用R。

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利用基因组学生物信息学分析和免疫分析数据确定的疫苗靶点被克隆到适当的载体中以供进一步研究。使用传统的基于连接的克隆方法来生成目标疫苗结构可能耗时、费力且昂贵。我们的在融合克隆技术可以通过加快目标疫苗结构的生成，帮助研究人员加快疫苗开发工作流程。In-Fusion克隆是快速，高度精确(>95%)，序列独立(任何PCR或合成插入可以克隆到任何载体在任何位点)，无缝，定向，高通量准备。In-Fusion酶利用pcr生成的插入序列和线性化的载体的末端15 bp重叠，高效而精确地融合它们。15 bp重叠的使用消除了对限制位点可用性的依赖，这是传统的基于连接的克隆的一个重大缺点。一个简单的15分钟的in - fusion反应结果是无缝的和精确的工程结构，其中不添加额外的载体或限制位点衍生的DNA的碱基。在生成目标疫苗表达结构时，融合克隆的速度和准确性是至关重要的优势，因为它允许研究人员避免向目标疫苗添加额外的碱基/氨基酸，这可能导致功能改变。

观看概述融合克隆技术应用的视频。

好处

• 子克隆是不必要的-克隆任何插入，到任何位点，在任何载体，只有一个反应
• 高效,超过95%的效率演示了范围广泛的片段大小，从0.5 KB到15 KB
• 无缝施工,最终结构没有剩余的额外碱基对（限制摘要或TA克隆通常如此）
• 克隆单个或多个片段的灵活性-在一次反应中同时克隆一个或多个DNA片段
• 可用于执行定点突变-单击此处了解如何

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有许多已发表的研究和开发针对各种病原体（包括冠状病毒）的疫苗的工作实例，这些病原体在其工作流程中利用了融合克隆技术。

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工具书类

Schultheiß,C。等新一代对新冠病毒-19患者的T细胞和B细胞受体序列进行测序，结果显示其与疾病的严重程度相关。免疫力53,442–455 (2020).